以君子兰植株为寄主的有害微生物或寄生物等的侵入引起的一种病害，这种病害能相互传染，所以又称为传染性病害。在君子兰培养管理过程中，病菌通过各种途径（气孔、伤口、昆虫）可以传染蔓延到其他植株。君子兰传染病的病原菌，从各种病症观察诊断来看，主要有真菌、细菌、病毒及线虫等。
1.软腐病
发病规律：此种细菌有许多寄主，可侵染各种多汁（肉）植物。一般通过虫咬伤口进入植物体内。潮湿的夏季或处于密植状态生长的君子兰容易被这种细菌侵染。初期的症状是底部的一两片叶子变黄，继续观察就会发现在植物基部出现黑色水渍状病斑。这种病斑向上扩展直至被侵染的叶片。在病害的发展过程中，经常使植物的基部及根部完全腐烂，致使植物不能支撑而倒下。有的虽然不发生腐烂，但叶片出现干枯，像一张黄色的薄纸。由于湿度过大，通风不良，阴暗过度，叶鞘处常有尘埃以及施肥时沾染的有机质等，给病菌侵入植物体提供条件，特别是长江流域及其以南地区雨季前后，容易感染此病。
流行和病害循环的气候条件为温度30～40℃和潮湿多雨。此细菌存活于土壤或病残体中，它也可以存在于昆虫的肠道内及带菌的蜗牛中。一般通过昆虫（尤其是家蝇），蜗牛，鸟类及人类活动在植株之间传播。也可通过剪枝用的剪刀或收割蔬菜用的刀具传播。家蝇也许是最有效的传播者。当此细菌侵蚀植株后通过外部的酶（细胞外的细胞水解酶和果胶水解酶）造成发臭的、软的、潮湿的腐烂。苍蝇常被这种植株所强烈的吸引。这些苍蝇将其部分消化，然后飞落到另一植株上。在那里，它们清洗自己，包括一次回流，即将成千上万的细菌沉积在植株上。然后开始另一个侵染过程，即再侵染。
当蜗牛取食已被侵蚀过的植株时，摄取大量的细菌，然后爬到未受侵染的植株上，在那里排便，它们的排泄物可带千上万个菌体细胞，然后进行再侵染。
防治方法：当环境条件如温度，湿度等适宜时，对此病害进行防治是很困难的。对于户外的植株，应使其处于一种透水性良好的环境中，以至不会存有过多的积水，甚至是在连续不断的大雨情况下也是如此。排水不良是导致发病的最大的原因，通过对植株造成水压，使根部因缺氧而死亡。对于室内的植株，应确保不要给植株浇过多的水。
应有足够的遮荫的设施。遮荫布虽然可以进行遮荫，但会增加小环境的热量，尤其是黑色的遮荫布，它能促进软腐病的发生。杀死正在植株间传播病菌的家蝇，从而阻止软腐病的进一步扩展。通过有规律的应用蜗牛诱饵来防治蜗牛。清除其他被害植株及病残体。这种细菌嗜好那些有过多氮肥和高糖量的植株。
改良肥料比例是防治病害的重要步骤。增加钙、镁、钾肥的比例，从而调节氮肥的施用量。含镁的熟石灰是钙和酶的元素的来源。钾可以通过氯化钾或硝酸钾等肥料中获得。
在一株君子兰受到轻微伤害时，用刮胡刀或解剖刀将被侵染的叶片刮掉。在操作之前杀菌剂对刀进行消毒，一般用70%的酒精进行消毒。在实际应用中，很多人嫌麻烦，但是如果细菌出现时，此法还是有价值的。用硫粉或氯氧化铜粉对伤口进行适当的治疗。当植株被严重侵蚀且已折断时，应将其移走。从植物基部将已变软或死亡的组织切除掉，撒上硫粉或氯氧化铜粉，移栽到含有硅土的土壤中，浅水勤灌，并使其保持在60～70%的遮荫环境中。君子兰是非常强壮的，很快就会恢复健康。
2.叶斑病
发病规律：君子兰叶斑病一般在春、秋季发生，但温室中四季均可发生。过度密植、通风不良、湿度过大均利于发病。换了尚未腐熟的生土，使用未发酵好的肥料，盆土长期不换，所施用的肥料氮、磷、钾不平衡，施肥量过大等等，也能发生此病。在高温干燥条件下，或者受介壳虫危害严重时，病菌易从气孔或伤口侵入，导致病害发生。受害部位一般都发生在叶片基部或边缘上。发病初期，叶面出现黄色小斑点，之后斑点颜色逐渐加深，斑痕面积不断扩大，边缘隆起，有米黄色球状细菌胶质液流，以至下陷，最后产生溃烂，以至将整株烂掉。
防治方法：（1）及时除去带病组织，并集中烧毁。（2）及时换盆土。（3）不易对植株喷浇。（4）从发病初期开始喷药，防止病害扩展蔓延。常用药剂有25%多菌灵可施性粉剂300～600倍液（50%的1000倍、40%胶悬剂600～800倍），50%托布津1000倍，70%代森锰500倍、80%代森锰锌500倍等。要注意药剂的交替使用，以免病菌产生抗药性。（5）人工除虫。操作时要精心细致，尽量减少创伤，杜绝病菌侵入君子兰内部组织。
预防措施：不使用生土、生肥，施肥浓度不易过大，固体肥不可直接接触根部。
3．炭疽病
发病规律：本病在炎热潮湿的季节多发生。浇水过多、放置过密、施用氮肥过量，都容易发病。此病多发生在叶尖或边缘部位，发病初期叶片出现粉红色胶质粘液。后扩展成为红紫色或暗褐色的圆形或椭圆形的病斑。中央为淡褐色或白色稍有些凹陷。发病后逐渐扩大，四周可见轮纹斑痕，四周呈现褐色病斑渐变干枯，斑上散生着黑色颗粒状物。严重时整株受侵，叶片变黑枯萎。在夏季由于土壤过湿，氮肥用量过多，或没有使用磷肥、钾肥时，容易发生此病。
防治方法：防治炭疽病要注意通风和光照，盆土排水要良好；要适当增加磷、钾肥，控制氮肥。如果发现有患病的预兆或发病初期，也必须进行药物治疗，如用50%的可湿性多菌灵粉剂加800倍水制成溶液，或用50%的可湿性托布津粉剂加1000～1500倍水制成溶液，或用60%的炭疽福美加800～1000倍水制成溶液，每周喷洒一次，连续三次，能够预防和治疗此病。
另外，增施磷钾肥，降低盆土湿度，注意通风降温，提前喷洒托布津等药物进行预防。
4．烂根病
发病规律：此病是由多种原因引起的，一年四季都可发生。气候炎热高温，湿度过大，盆土长期不干，施肥过量，换土时根系受伤，长期干旱后浇水过量等都可造成烂根。发病初期，植物心叶及心叶基部出现水渍状斑点，进而向下蔓延至根部，病部呈稀糊状，可使叶片脱落，严重时植株死亡。
防治方法：（1）改进栽培管理。改进浇水方式，要从盆沿浇入，防止灌入心叶中。发现烂根病株，要清除全部烂根，用灭菌剂浸泡后晾干，更换新的腐熟营养土加30%～50%的砂砾，严重的要全部放在沙子里，以诱发新根。（2）药剂防治。对于已经发生烂根病的植株，要及时采取措施，方法是将病株连根拔起，去掉根土，浸放在0.1%的高锰酸钾溶液中，浸泡5分钟（腐烂部分要先除去再浸）。然后用清水冲洗一次，根向上放在阳光下晒半小时，再阴干4～5天，盆栽土经高温土壤消毒，待土完全冷却后上盆，土不要埋得太深，浇足水放在阴凉处换苗10～15天长出新叶，据青岛园林科研所经验，此法有100%的效果。
另外，炎热季节注意通风降温，防止盆土过湿，炎热季节停止施肥，降低肥料浓度，换土时避免根系受伤等。
5．高烧病
发病规律：在潮湿高温季节都容易发生这种病。主要原因是由于叶片上喷水带入病菌或因盆土长期过湿引起烂根、烂茎尖所致。一般发病初期，根尖生长点首先腐烂，然后逐渐扩散，引起茎尖及心叶腐烂。君子兰烂根以后，破坏植株的正常生理功能和吸收功能，致使君子兰体内温度升高，故称高烧病。这种病症发展极快，一般在1～2天内，严重的甚至在几小时内，植株温度可由25℃上升到35～40℃，半天时间就能使君子兰的茎尖处腐烂。
防治方法：如果用手背测试君子兰基部组织和叶座的温度时，发现高于或等于人的体温，则说明君子兰患高烧病。这时应采取抢救措施，用凉水擦洗中心叶片。同时，还可把君子兰从盆中取出，用凉水冲洗根部，然后放到阴凉通风处，继续观察，植株基部的温度是否上升，如果继续上升，就必须采取动手术的方法。作法是在中心叶片的鳞茎两侧，用消毒锋利小刀，竖割一条小缝，然后用凉水对中心叶片一片一片的冲洗10分钟，之后仍然放在阴凉通风处观察。如果温度不继续上升，说明问题已经解决，只要加强管理，病症不会继续蔓延。如果温度还在不断上升，就要对中心叶片进行检查，是否已经烂心。如果没有烂心，这时也可倒盆，把君子兰放在凉水中浸泡两小时再检查，若是温度继续上升，君子兰中心叶片已有烂叶现象，那就必须进行大手术，把叶片从假鳞茎处全部切掉，这样还可以保住茎和根，重新进行栽培，让茎上萌发新芽，保留品种，此外别无良策。
6．红斑病
发病规律：发病初期叶片背面呈现白色或粉黄色、杏红色的小圆点。发现此病后，如不及时采取措施，时间长了，斑点越来越大，颜色逐渐加深，斑痕处凹陷腐烂，轻者斑点连成一片，把叶片烂掉，造成“抹头”。其致病原因多是由病毒侵染所致。究其病毒来源，大多数是由肥料没有充分发酵腐熟就使用，生肥在土中腐烂，导致更多的微生物和病毒在君子兰茎、根基部大量繁殖。这些微生物和病毒，粘在君子兰根系上吸收营养，造成君子兰生理功能受阻，叶片呈现红斑状。
防治方法：君子兰红斑病大都来自根部。如果发现红斑病后，要立即翻盆换土，然后清洗君子兰的根部和茎部，把所有的微生物和病毒、细菌冲洗掉，可用65%的可湿性代森锌粉剂加400～500倍水制成溶液，每10天或半月喷洒一次，2～3次即可。换盆后，宜用磁化水浇灌。
7．白绢病
发病规律：菌核可以存活4年以上，以此渡过不良环境条件，高温潮湿季节发病重。上盆时，若土壤为未经消毒的垃圾土、菜园土则发病重。此病主要发生在君子兰靠近地面的茎基部，发生褐色软腐，白色绢状的菌丝布满在患病部位，并在土表蔓延。以后部分菌丝纠结成菌核，菌核初为白色，后转黄色、红褐色到深褐色，大小如油菜籽。严重时整株被害，容易拔起。
防治方法：（1）改进栽培管理。有病污染的土壤应携出温室之外销毁。（2）药剂防治。除去病部，君子兰基部以0.1%升汞水消毒5分钟后用水洗，再浸于 -奈乙酸50～100ppm数小时，重新扦插于无菌湿砂土上，可重新生根；更换盆土时，土壤要用消过毒的沃土，可以土壤重量0.2%的五氯硝基苯（70%）拌和处理土壤后再上盆。
8．煤烟病
发病规律：受害部位初期出现紫褐色斑点，以后逐渐扩散为直径1～2cm的深褐色斑块。这时，患病部位出现煤烟状物，严密覆盖患处，植株光合作用和呼吸作用受阻。
防治方法：患煤烟病初期，可用多福合剂（多菌灵5%加上福美双5%）加500～800倍水制成溶液，每10～12天进行一次雾状喷治。如果发现介壳虫，还可用20号石油乳剂加50～200倍水制成溶液，杀灭介壳虫，防止病症蔓延。
9．灰霉病
发病规律：病菌以菌核随残株在土中越冬，温室通风不良、湿度过高时病重，放置过密时也容易病重，氮肥过多，植株组织变软，易导致病重。花被、花梗、叶片均可受害。花被受害时，产生水渍状直径为1～2㎜的小斑，不久扩大，变褐腐烂。在花梗上发生时，褐色软腐，往往从发病部位折倒，影响种子成熟。叶部受害，往往从边缘发生褐色发软的病斑，表面有轮纹折皱，可扩展到全叶。潮湿时，着生灰色的霉层，后变土黄色。
防治方法：用无病原菌新土，或土壤消毒后做盆土栽培，避免放置过密。温室在冬季要适当加温，可避免湿度过高。即时除去病叶、病花，并集中处理掉。浇水或施肥不宜过多，最好从盆边缘注入水。